確率操作してるんじゃね？という疑惑がでていることへの、個人的な見解です。

＊注意

始めに断っておきますと、プログラミングは初心者クラスでしかありませんので、
おかしな見解を披露しているかもしれません。

メダル成長の仕組み（前置き）

まず、カード進化の仕組みについて考える前に、メダルの成長とはどういったことなのかを、考察しておく必要があります。

• ☆１　ゴールド１枚でレベルアップ。　同属性だと、１．５倍程度上がる
• ☆２　ゴールド１枚で２０％ほど上昇。　同属性だと、３枚で約９割
• ☆３　同属性５枚でやく５割。

このことからの推測ですが、

1. メダルにはレベルアップするための経験値テーブルが存在する。
2. ☆が大きいほど、必要値が大きくなる。
3. カードを食わせることで、この値が一定数上昇する。

といったことが推測されます。

仮に以下の値とします。

☆１：１０００
☆２：５０００
☆３：１５０００
ゴールドカード：経験値　１０００　（同属性時１５００）

このように、ゲームというのはすべて数字と計算から構成されています。

カード進化

カード進化はベースメダル　＋　サブメダル　によって求められます。

ゴールド（火土水氷風雷）　＋　付与

☆１Lv.1　ベース　＋２０．０％　サブ　＋１０．０％

☆２Lv.1　ベース　＋３５．０％　サブ　＋２５．０％

☆３Lv.1　ベース　＋６０．０％　サブ　＋５０．０％

☆１Lv.3　ベース　＋３８．７％　サブ　＋２８．７％

上記はゴールドカードに、各種メダルを付与した場合に表示される成功率を表しています。
注目すべきは、レベルを上げることによって、成功率が上昇する点です。

メダルの経験値分、値が上昇しているのではと推測されます。
（メダルの基本値　＋　メダルの経験値　＝　合成成功値）

このことから、カードには成功率１００％にするための値とすべてのメダルの合成成功値の割合が
成功率として表示されているのではと推測できます。

さて、本題の１００％なのに失敗するについてです。
内部的には、こんな感じであったと思われます。

メダルの合計１２０００／成功必要値１００００　＝　１００％

１００００より上の”桁”は無視されていた

桁落ち、桁あふれなどと呼ばれているケースです。
成功率とは別に計算をしているはずなので、何かの過程である値以上が無視されてしまった場合、表示と異なる結果になります。

越えてしまった２０００が、マイナスに影響していた

計算の過程で、超えた分がマイナスに影響してしまったというものです。

何が言いたいかというと、
ソースコードとデータを見てみない事には、真偽はわかりません。
スクエニも、ゲームを作るうえで誇りを持って仕事をされていると思うので、
アップデートがガッカリだったとしても、こういった部分は信用してよいと思います。

プログラムにおいてバグは起きるものなので、ちょっとしたミスだったと私も思っています。